ねこツク、さくら。(2)

春季的某日，主人公・大槻宗真为了帮助准备开学仪式而来到了学校……
却目击到了新生・文乃头上长出猫耳的景象！
而现场还出现了另外一名猫耳少女・ツキ。
ツキ自诩为“双子之神”，以学园流传的守护神中妹妹的身份，向两人致歉。 
“我姐姐依附到了文乃的身体上，所以她才会长出了猫耳”，她如是说。
而其实姐妹俩“双子之神”的本体，其实是“游荡于学园中的猫灵”，而且无法离开这所学园的范围。
于是对此十分愤怒的姐姐・アキ，打算依附在文乃的身上，到学园外去看看……
然而却是，被附身后的文乃也无法离开学园了！！
 如此下去，アキ的愿望也没能达成，文乃也无法摆脱附身状态。
于是，宗真和自己的损友，校长孙女・恋花以及酷爱研究超自然现象的有名学妹・弥生一起，为了达成アキ的愿望，以及帮助文乃解决被困学园的窘境而努力起来。
然而，突然开始的学园生活却麻烦重重……？