I/O －ディレクターズカット－(2)

A路线：日向篇
主人公是就读于私立高中的学生·葵日向（あおい ひなた）。
最近数年，他被奇妙的病症所折磨。自己好像不再是自己，围绕着自己的世界好像并不存在的状态持续着。仿佛自己成为了外部的旁观者一般的感觉……
没有生存着的真实感的每一天。日向对任何事都失去了兴趣，每天都无精打采地度过。
在这样的情况下，某一日，受到了不知从什么地方发来的邮件。
邮件的内容是，在2年前下落不明的双胞胎的妹妹·葵夢月（あおい むつき）的求救信号。
借助青梅竹马的少女·川原朔夜（かわはら さくや）的帮助，日向开始寻找妹妹的踪迹。
寻找伊人已不在的妹妹的踪迹的日日夜夜。这成为了日向取回生存着的真实感――现实感的契机。
可是，他终将直面冲击性的事实……
B路线：イシュタル篇-0
主人公是自由职业者的女子程序员·イシュタル。
同时她也是骇客团队《CRIMINAL》的首领。
团队成员除了她之外还有――参谋·綾瀬みか（あやせ みか）、唯一的男性·宮田浩介（みやた こうすけ）、双胞胎姐妹·篠塚真佐実（しのづか まさみ）与真佑実（まゆみ）――的4个人。
作为兴趣的延长，她们承担合法的骇客行为（系统构建、软件改良、安全检查与协调化）为工作。
某一日，CRIMINAL与谜之黑客发生冲突。而此事件不久之后渐渐发展为CRIMINAL与企图进行网络恐怖活动的恐怖分子集团《CODE》之间的直接对决。
同样的能力，一个集团将其用于维护秩序，另一个则将其用于制造混沌。当这两个集团之间产生激烈对抗时，形形色色的悲剧诞生了。
争斗的尽头，等待着她们的将是……
C路线：イシュタル篇-1
主人公与B路线相同，是イシュタル。
可是，这个路线的イシュタル不知为何却在单独行动。她似乎潜伏在某个组织中，调查着一些东西。